毒饵处理前先要进行鼠情调查，将全城的探井随机抽查10-20%，时间最好在一场大雨之后2-3周内，大雨会将探井中的旧鼠迹冲走，留下的都是新近鼠类活动的痕迹。主要需要查看鼠粪、爪印，有时也能看到鼠类出没活动，若出现可疑的痕迹时，可在探井中投放些食饵，2-3天后检查消耗情况，以判断鼠情，然后将发现的鼠情在地图上标出，对鼠患做出判断，确定投毒饵的方案。

下水道主要是采用毒饵灭鼠。毒饵投放在探井内四周的边缘干燥的地方，也可以使用特制的毒饵盒（用木板或铁皮做成长方形的小盒，其大小视探井的直径而定）。

将毒饵盒挂在探井的墙上，从盒子上吊一条粗绳于下水道中，鼠类会顺绳索攀到毒饵盒中取食毒饵。下水道中很湿热，毒饵容易霉烂，可以采用蜡块毒饵，最好将这种毒饵铸成200-300克的大块，用铁丝固定在探井内，防止被水冲走。

采用颗粒毒饵时，每隔2天要检查补充1次，直到毒饵停止消耗为止，蜡块毒饵1周检查1次即可。抗凝血剂是首选的灭鼠剂，常用的有杀鼠迷、敌鼠纳盐、氯敌鼠和溴敌隆等。油溶性的氯敌鼠母液可以粘附在新鲜的胡多卜和地瓜块上，也有防水作用，很适于下水道灭鼠。

据调查，100米长的下水道一般约可容纳20只鼠，也就是说每100米长的下水道中的废弃物足以养活20只鼠，超过此限即迫使鼠类向地面建筑物内迁移，一次有效的灭鼠后通常半年内不会有鼠向地面迁移。