菊花是从奈良时代就已经传入日本，当时日本受中国文化影响很深，和中国一样，梅兰竹菊是君子的象征，日本许多早期文学作品诸如《万叶集》《古今和歌集》《源氏物语》都有提及。当然相比于菊，赞颂梅花的和歌数量更多。

而樱花兴起较晚，《万叶集》中虽有记载但相比于梅花的118首而言，提到樱花的只有44首，直到江户时期，日本整顿河流，在两岸种植大量樱花和柳树，伴随这一时期的到来，日本著名学者本居宣长用樱花象征日本人的精神，樱花渐渐开始与日本人联系起来。之后基于樱花扎根于日本精神这一特征已经深入人心大正后期，日本的樱花也渐渐变成了国花。

至于日本皇室，根据《大要抄》的记载，当时装饰车的御用纹饰是牡丹，但《井蛙抄》中记录了镰仓时期82代天皇，后鸟羽天皇使用自己喜爱的菊花做纹饰的事情。

过去日本宫廷社会中很看重作为皇室象征的三样神器——镜，玉，剑。但在檀浦之战中，皇室遗失了其中的宝剑（天从云剑），使得后鸟羽天皇继位之时神器不全，有一种自卑感。

后鸟羽天皇为了平息谣言，巩固王权，决定重新铸剑。当时后鸟羽天皇喜爱菊花，经常用其代表一种私印装饰使用，于是请当时铸剑名家则宗为己锻剑的时候把菊花作为纹章镶嵌其中。

之后的后深草天皇，后宇多天皇把这种私印继承下来，渐渐成为惯例。十六八重表菊也作为皇室纹章固定下来。

现在提起日本，更多人把贴切广大人民，代表日本人精神的樱花作为日本的象征，但是菊花也依然是日本的国花，只不过更多时候是强调它作为王室象征的一个特点。