问题一：一般来讲协议纠纷就是合同纠纷。只要当事人双方不违法合同法第五十二条的规定：即（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益； （二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益； （三）以合法形式掩盖非法目的； （四）损害社会公共利益； （五）违反法律、行政法规的强制性规定的协议，均为有效的协议，生效的协议对双方当事人均有约束力。根据你所述的情况，乙方已履行合同义务后，甲方在合同履行中不履行义务，已构成违约。对于违约的行为，乙方可以向法院起诉主张甲方承担违约责任。

问题二：诉讼时效问题。对于债权请求权，法律规定了诉讼时效的制度。所谓诉讼时效就是权利人请求公权利维权的时间限制。当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。债权债务成为自然债务，根据我国民法总则的规定，现在普通的讼时效期间为三年，还有一些特殊的诉讼时效，比如国际货物买卖合同的诉讼时效期间是四年，如果存在时效中止，中断的情况，最长诉讼时效不超过二十年。

如若甲乙双方签订《协议》属于合法有效的，且乙方已按约履行了《协议》中应当履行的义务，但甲方尚未按约履行相应义务的，则乙方可以基于前述《协议》起诉甲方；但是在起诉时需要考虑以下相关因素：

（1）诉讼时效问题：一般情况下2015年9月30日（含当日）签订相关协议适用2年诉讼时效；2015年10月1日（含当日）签订相关协议适用3年诉讼时效。

（2）管辖法院：一般情况有约定从约定；没有约定的，采取原告就被告的原则，即由被告所在地的人民法院管辖；此外，涉及不动产案件的，由不动产所在地有管辖权的人民法院管辖。

违约责任：一般情况有约定从约定；没有约定的，若涉及金钱给付义务，则可按中国人民银行同期贷款利率要求支付违约金。

（一）根据"谁主张谁举证"原则，原告向法院起诉应提交下列材料：

1、原告主体资格的材料。

如居民身份证、户口本、护照、港澳同胞回乡证、结婚证等证据的原件和复印件;企业单位作为原告的应提交营业执照、商业登记证明等材料的复印件。

2、证明原告诉讼主张的证据。如合同、协议、债权文书(借条、欠条等)、收发货凭证、往来信函等。

　　《民事诉讼法》第六十四条 当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。

　　当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。

　　人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。

（二）当事人向法院提交书证，应填写一式两份证据清单，详细列明提交证据的名称、页数。

证据经法院承办人核对后，由承办人在证据清单上 签字盖章，一份交当事人，一份备案。

（三）立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续;

对不符合立案条件的，依法裁定不予受理。

（四）当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用，如确有困难，可在预交期内向本院提出减、缓、免交的书面申请，逾期不交或者书面申请缓、减、免交未获批准而仍不预交的，本院将裁定按自动撤诉处理。

（五）立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排，并于结案后到财务室结算诉讼费用，多退少补。