文章目录

• 一、MS中画出分子结构
• 二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场
• • 1. OPLSAA力场
  • 2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查
  • 3. 在MS中设置为对应的原子编号
• 三、转换为Lammps可以读取的Data文件
• 四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件
• • 1. 生成LT文件
  • 2. LT文件结构
• 五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate
• • 1. 运行Moltemplate
  • 2. 生成对应的力场文件

一、MS中画出分子结构

在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。

二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场

1. OPLSAA力场

我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。

OPLSAA文件下载
链接：请点击
提取码：1x9o

2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查

3. 在MS中设置为对应的原子编号

三、转换为Lammps可以读取的Data文件

这里采用Lammps目录下的小程序：./lammps/tools/msi2lmp.exe\rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe./lammps/tools/msi2lmp.exe

根据手册执行命令，这里不再赘述 （注意，测试的data文件为 test.data\rm test.datatest.data）

四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件

1. 生成LT文件

Moltemplate官网链接

手册中 P64P64P64 页给出了详细介绍

所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的 test.data\rm test.datatest.data 文件）

2. LT文件结构

运行后生成 对应的 LT\rm LTLT 文件：Mol.lt\rm Mol.ltMol.lt

五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate

1. 运行Moltemplate

Moltemplate.sh system.lt

2. 生成对应的力场文件